Kad se zaustavi protok materijala, započinje se ciklus čišćenja separatora na temelju signala daljinskog upravljača. Zaklopka se okreće u položaj za čišćenje, magneti se pomoću pneumatskog sustava guraju dalje od stijenke separatora. Na taj se način smanjuje intenzitet magnetskog polja, a zarobljene feromagnetske čestice padaju po vlastitoj težini i ispadaju kroz otvor za čišćenje. Nakon čišćenja, magneti i zaklopka vraćaju se u radni položaj i protok materijala može se ponovo pokrenuti.

 

Na temelju potražnje moguće je takvim sustavima isporučiti i kontinuirani rad, gdje se prijevoz materijala i odvajanje odvija istovremeno, bez potrebe za prekidom.